Artigo: Wes Ishmael (Revista Beef Magazine)
Tradução Livre: Antonio Carlos Sciamarelli Junior
A medida que a arte e a ciência genômica se tornam mais precisas, os produtores de vacas-bezerros comerciais se beneficiam. Enquanto os produtores comerciais não participam diretamente na avaliação genômica, agora que a Single-Step é uma realidade, eles poderão comprar touros com DEPs mais precisas e confiáveis de seus fornecedores.
“Se você é criador fazendo muita genotipagem e fenotipagem, você está medindo todos os dados em todas as características, a avaliação genômica de um único passo permite que você aproveite a precisão disso imediatamente”, diz Stephen Miller, diretor de Pesquisa Genética para a Angus Genetic Inc. “Eu acho que é um componente forte do porque os criadores podem se tornar ainda mais ativos na genotipagem do que foram até agora”.
Miller está descrevendo o que ele acredita que será um dos resultados da avaliação de gado bovino Single-Step, atualmente sendo refinada e testada por organizações com enorme base de dados, incluindo a Angus Genetics Inc.
Para a Associação Americana de Angus (AAA), a Angus Genetics Inc realiza uma avaliação genética única. O registro na AAA cresce cerca de 300.000 por ano. A base de dados da AAA para avaliação genética inclui pesos de desmama para 8,3 milhões de animais e pesos de nascimento para 7,6 milhões, entre uma série de vários fenótipos.
Por outro lado, Mahdi Saatchi, genômico principal da Angus Genetics Inc., explica que o banco de dados da organização inclui mais de 16 milhões de animais, o maior sistema de avaliação genética de bovinos de corte multidimensional no mundo, adicionado mais de 400 mil todo ano.
A avaliação genética Single-Step destina-se a substituir o que é atualmente e geralmente um processo de múltiplos passos usado para incorporar informações genômicas no cálculo das DEPs (diferenças esperadas na progênie).
Alison Van Eenennaam, da Universidade da Califórnia, extensão de genética de corte, explica: “Normalmente a incorporação de informações genômicas nas avaliações genéticas é uma estatística complexa, e o envolvimento de múltiplos passos é requerido:
- Avaliação genética tradicional com um modelo animal;
- Estimativa dos efeitos dos marcadores e desenvolvimento de uma equação de predição;
- Mistura destes dois pedaços de informação usando uma variação de abordagens para desenvolver uma DEP genômica aprimorada.”
Com esta abordagem em vários passos, as DEPs genômicas estão disponíveis apenas para animais genotipados. Incluir a sua informação na avaliação genética requer o que se denomina “população de treino”, para recalibrar as equações de previsão periodicamente. Basta dizer que este é um passo adicional que requer muito tempo.
Uma lacuna da abordagem em vários passos é que o viés de seleção pode-se encaminhar para a avaliação, uma vez que os animais superiores em mérito genético são os mais prováveis a serem genotipados. Saatchi acrescenta que as estimativas de ponderação para as informações incluídas podem ser fonte primária de preconceitos.
Tenha em mente que as DEPs já eram o padrão ouro da predição genética, mesmo antes de dados genômicos serem incluídos na avaliação genética.
Mais informações, precisão
Como o termo indica, as metodologias Single-Step incorporam dados genômicos na própria avaliação genética.
Com base nas relações de pedigree, todos os animais na avaliação recebem DEP-GE. Além disso, não há necessidade da população de treino acima mencionada e recalibração.
De acordo com Saatchi, a informação genômica produz previsões mais precisas e menor variação de erro de predição, especialmente com modelos de efeito de marcadores de genes de uma única etapa.
“As abordagens de um único passo incorporam todas as informações de pedigree, genótipos e fenótipos disponíveis de ambos os animais, genotípicos e não genotípicos para uma avaliação única simultânea” explica Van Eenennaam.
“Isto é importante, como geralmente apenas um sub-conjunto seleto de animais superiores é genotipado, o que leva a uma tendência de previsões genômicas. Incluir informações de animais não genotípicos com fenótipos na avaliação genética ajuda a corrigir este viés”.
Miller descreve a inclusão de informações genômicas na avaliação genética do gado como tecnologia transformadora para a criação de gado bovino. Ele explica que acelera a taxa de mudança genética através da capacidade de avaliar animais em idades anteriores para obter mais características.
A realidade para estes benefícios é a maior precisão de previsão, especialmente para animais jovens com pouco ou nenhum dado de progênie e para características difíceis de medir.
Por exemplo, Miller comparou a correlação entre a predição genética e os dados fenotípicos para uma variedade de características na análise AAA de abril de 2016. A predição associada é equivalente a de animal não-pai que já possui dados de desempenho para um entre 7 progênies (altura adulta e peso de carcaça) e 24 progênies (peso médio adulto).
Por todas as contas, a abordagem de um único passo deve aumentar a precisão da seleção ainda mais. Uma das razões, explica Miller, é que a abordagem de um único passo redefine relacionamentos de pedigree com base em marcadores genéticos.
Por exemplo, ele compartilha um exemplo de seis irmãos completos, avaliados pela Angus Genetics Inc. Sua relação de pedigree é de 0,59, maior que a matemática dos produtores sugere, devido a endogamia. Mas a relação genômica real varia de 0,49 a 0,65
SINGLE-STEP – MÚLTIPLAS ABORDAGENS
Diferentes organizações estão usando vários modelos estatísticos para um único passo. Todos são computacionalmente intensos. Seu uso prático exigiu avanços em tecnologia informática, tecnologia de genotipagem e desenvolvimento de software.
Para produtores comerciais que compram touros, isto tudo fica por trás dos bastidores. Os touros avaliados nesse sistema devem ter DEPs simplesmente com maior precisão. A tecnologia habilitadora significa que as avaliações genéticas podem ser realizadas com mais frequência também, de modo que as estimativas de mérito genético podem ser atualizadas.
O mesmo ocorre com os produtores, exceto, como observa Miller eles deveriam ter mais oportunidades de alavancar mais dólares do que estão investindo para coletar genótipos e fenótipos.
“Isto cria vantagens para os criadores que já estão genopitados”, dis Miller. “Os que fazem as coisas certas, coletando dados, verão duas precisões de DEP-GE evoluírem mais rapidamente do que as outras”.
Informações
Antonio Carlos Sciamarelli Junior
Gerente de Produto de Corte
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